San Giovanni alla Vena prende il nome da una presunta “vena” che si credeva d’oro o di qualche altro materiale ritenuto prezioso. Fin dal medioevo molte famiglie pisane avevano la loro residenza in queste zone, tanto che ancora oggi sono visibili belle ville Sette-Ottocentesche spesso con ampi parchi. Incerto è il suo ruolo nelle guerre fra Pisa e Firenze, anche se fino all’Ottocento esistevano ancora delle torri medievali, abbassate e trasformate in abitazioni civili. Risulta invece che presso San Giovanni nel 1363 si sia svolta una battaglia tra le truppe pisane e quelle di Firenze, conosciuta nelle fonti come Battaglia del Bagno alla Vena. Sulla cima della collina che sovrasta il paese, si trova l’oratorio di Santa Croce in Castellare, costruito nel 1656 probabilmente sulle fondamenta di un più antico edificio (secondo alcuni un castello), ma completamente riedificato nel 1818.